طراحی آتریوم شیشه‌ای چالش‌ها و نکات مهمی دارد که باید مورد توجه قرار گیرد. آتریوم شیشه‌ای معمولاً با مسائل مربوط به دما و رطوبت روبرو است. باید از سیستم‌های تهویه مناسب و کنترل دما و رطوبت استفاده شود تا محیط داخلی راحت و بهینه باقی بماند. انتخاب مکان مناسب برای آتریوم به منظور بهره‌برداری از نور خورشید و حفظ روشنایی طبیعی مهم است. بازسازی ساختمان در اصفهان همچنین باید از پوشش‌های شیشه‌ای مناسبی استفاده شود که از افزایش دما و نفوذ نور مستقیم جلوگیری کند. استفاده از تکنولوژی‌های مدیریت انرژی برای کاهش مصرف انرژی و هزینه‌های مربوط به آن اهمیت دارد. شیشه‌ها نیازمند نگهداری و تعمیرات دوره‌ای هستند تا از ایجاد مشکلاتی مانند نشتی یا خرابی‌های ساختاری جلوگیری شود. باید از شیشه‌های مقاوم و سیستم‌های امنیتی مناسب استفاده شود. این امر سبب می شود تا از حوادث مانند شکستگی شیشه یا نفوذ افراد غیرمجاز جلوگیری شود. چکاد طراحی آتریوم شیشه‌ای نیازمند توجه به این نکات و چالش‌ها است تا محیطی زیبا، راحت و امن برای استفاده کنندگان فراهم شود.